生物分離的基本原理是指根據(jù)生物體（包括原子、分子、分子復合物、分子聚合體和細胞等）中各種物質之間物理、化學和生物學性質的差別，利用能夠識別這些差別的分離介質和能夠擴大這些差別的分離設備，實現(xiàn)各種物質的分離。

1、利用物質物理學性質的不同進行分離：

（1）力學性質：

利用物質的密度、大小和形狀等力學性質的不同，可進行顆粒（如細胞）的重力沉降，分子或顆粒的離心分離和膜分離。

（2）熱力學性質：

利用物質的溶解度、揮發(fā)度等性質的不同，可采用蒸餾、蒸發(fā)、萃取、結晶、沉淀、吸附和離子交換等方法進行分離。

（3）傳質性質：

利用物質的粘度、擴散等傳質性質不同傳質速度不同的特點，可進行分離。

（4）電磁性質：

利用物質的荷電特性（如電荷分布、電離度和磁性等）的不同，可采用電泳、電滲析、離子交換、磁性分離等方法進行分離。

2、利用物質化學性質的不同進行分離：

利用物質的化學熱力學性質（如化學平衡常數(shù)）、反應動力學（如反應速率）等性質的不同，可進行分離。

3、利用物質生物學性質的不同進行分離：

利用物質的生物分子識別（如生物親和作用）、生物輸送性質（如生物膜輸送）、生物反應（如酶反應）和生物控制（如免疫系統(tǒng)）等生物學性質的不同，可進行分離。